Descendant d'une longue lignée de criminels, le jeune et richissime Artemis Fowl - 12 ans et déjà doté d'une intelligence hors du commun - s'apprête à livrer un éprouvant combat contre le Peuple des fées, des créatures puissantes et mystérieuses qui vivent dans un monde souterrain et qui pourraient bien être à l'origine de la disparition de son père 2 ans plus tôt. Pour mener sa lutte à bien, il devra faire appel à toute sa force et à son ingéniosité diabolique, quitte à prendre en otage le capitaine Holly Short - une elfe réputée pour sa bravoure - et l'échanger contre une rançon en or. Pour le nain gaffeur et kleptomane Mulch Diggums - qui va tout tenter pour venir en aide à Holly - et la commandante Root, chef du F.A.R.F.A.DET (Forces armées de Régulation et fées Aériennes de DETection, le département de reconnaissance de la police des fées), la partie s'annonce plus que serrée